وحين اتخذ السادات قرارًا باعتقال أكثر من ألف وخمسمائة من قيادات مصر الدينية والسياسية في الخامس من سبتمبر 1981م كان البابا شنودة أحد الذين تضمنهم القرار، ولكن في شكل تحفظ في أحد الأديرة حدد رئيس الجمهورية في أيلول (سبتمبر) 1981 م محمد أنور السادات إقامة البابا القبطى شنودة الثالث فى أحد أحد أديرة وادى النطرون وأحاط الدير بقوات أمن الدولة ومنع أى أحد من زيارته وكانت تهمة الرئيس المصري الراحل أنور السادات بالتورّط في إشعال فتنة طائفية بدون وجود دليل واحد على ذلك وقام بتعيين لجنة من الأساقفة لأدارة البطريركية وهذا الأمر لم يكن قانونياً سواء بالنسبة لقوانين الدولة أو حتى قوانين الكنيسة ، ونتيجة لتبني الرئيس السياسة ألإسلامية الإرهابية اغتالت العصابات الإسلامية التى أنشأها السادات وفي الشهر التالي ظهر كذب الرئيس المتوفى على شاشات التلفزيون عندما قتلتهً العصابات الإسلامية فى حادث المنصة الشهير برصاص أولاده المسلمين كما كان إعتاد هو نفسه تسميتهم .
وإعتكافة فى المرة الثانية نتيجة لأغتصاب وخطف فتيات القبط ونسائهم فى عصر الرئيس محمد حسنى مبارك
للمرّة الثانية يعتكف بطريرك الأقباط الارثوذكس والكرازة المرقسيّة في مصر الأنبا شنودة الثالث في أحد الاديرة بسبب مشاكل الطائفة مع الدّولة. فمن "الخطّ الهمايوني" الذى تطبقة الحكومة فى مصر لمنع بناء أو ترميم الكنائس الى التهميش السياسي والإجتماعي ، جملة تراكمات بلغت ذروتها مع موجة اعتناق فتيات وسيّدات قبطيات الإسلام في ظروف غامضة إنتهت بتجمع ألاف الآقباط فى فناء الكاتدرائية القبطية بعد إختفاء زوجه كاهن قبطى فى البحيرة فى ظروف غامضة , وقالت وسائل الإعلام الحكومية أنها أعتنقت الإسلام وقد جرى العرف فى مصر عرض هذه الحالات على كاهن فى جلسة تسمى جلسة نصح وإرشاد فإذاَ أصرّت السيدة على الإسلام يرفع الأمر الى الأزهر
ولما لم تعرض فشك الأقباط عندئذ أن فى الأمر جريمة خاصة أن إنتشار إختطاف فتيات القبط قد إنتشر بصورة مخيفة مما أدى إلى تجمعهم بالكاتدرائية
وجاء اعتكاف الأنبا شنودة نتيجة تأخّر الجهات الأمنية في تسليم المرأة الى الكنيسة بعد أن وعدوه عدة مرات .
أما من جهة السيدة قسطنطين فقد سلمت لجلسة "النّصح والإرشاد" مع المسؤولين في الكنيسة القبطية، وأحاطوا المبنى بقوات الأمن وقد أعلنت الكنيسة أن السيدة كانت تحت تأثير مخدر قوى وبعد أن أستردت وعيها سلّمت الى النيابة العامّة حيث أقرّت بتمسّكها بإيمانها المسيحي وقالت : أننى ولدت مسيحية وعشت مسيحية وسأموت مسيحية " ، وصرفها وكيل النيابة فذهبت عقب ذلك مباشرة الى دير الأنبا بيشوي في وادي النطرون حيث يقيم الأنبا شنودة حاليا